PCR儀可以分為四類：1、原位PCR儀：用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀，是保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置上進行基因擴增。
2、實時熒光定量PCR儀：是指在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)。使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集型號連接輸送到計算機分析處理系統(tǒng)得出量化的實時結果輸出。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。
3、普通的PCR儀：是指把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。儀器主要應用于科研研究、醫(yī)學臨床等機構。
4、梯度PCR儀：是指把一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件。通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表大量高的zui適退火溫度，進行有效的擴增。
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